Apabila Cortés pulang ke Honduras, dalam keadaan separuh mati, masyarakat yang tidak berkerajaan itu mengalu-alukan kedatangnya dengan penuh gembira. Beliau kemudiannya menjadi Gabenor-Jeneral Honduras selama satu penggal dan berjaya membawa stabiliti dan menegakkan undang-undang dinegara tersebut. Tetapi pihak birokrat Castil mula tiba kesana dan menggagalkan usaha murninya itu. Dengan kecewa, beliau meninggalkan pulau itu dan bersama-sama anak lelaki kegemarannya, anak La Malinche bernama Martín Cortés, beliau pergi untuk menemui negara China. Disamping itu beliau telah berulang-alik dari Mexico ke Sepanyol untuk memujuk rajanya untuk melantiknya sebagai gabenor Mexico. Tetapi dia telah membuat beberapa musuh di istana dan raja Charles V hanya memberikannya pangkat Kapten Jeneral. Namun, beliau telah dianugerakan lembah Oaxaca, bersama-sama 23,000 hamba abdi puak Indian. Akhirnya beliau pulang ke Eropah untuk berperang di Itali bersama-sama Martin. Cortés meninggal dunia di Seville pada 1547. Seperti Columbus, beliau mati dalam kekayaan tetapi gagal menjadi seorang tokoh yang terkenal seperti Caesar.Beberapa tahun selepas itu mayatnya dikembalikan ke Mexico dan dikebumikan di Niño Jesus Chapel berhampiran Zócalo, Bandar Mexico.

Beliau telah meninggalkan ramai anak yang berbangsa Indian dan berkulit putih dan mereka hidup gembira setelah mewarisi kekayaannya. Sehingga kehari ini, rakyat Mexico menganggapnya sebagai damnatio memoriae iaitu seorang yang hilang dari kenangan, walaupun beliau telah meninggalkan hampir setengah juta kaum kerabatnya di Mexico.